En décrivant l'arrestation de Jésus et les événements qui l'ont précédée dans le jardin de Gethsémani, Jean se montre sensiblement plus laconique et plus réservé que les autres évangélistes. Il ne mentionne notamment ni la prière que le Sauveur fit avant son arrestation, ni comment les apôtres, incapables de supporter une tension trop forte pour eux, s'endormirent malgré les demandes de leur Maître. Il rapporte seulement en quelques mots que Judas connaissait bien le jardin de Gethsémani, tout comme les autres apôtres, parce que Jésus avait coutume de s'y réunir et d'y converser avec eux (v. 1-2). À en juger par le témoignage de l'évangéliste, ceux qui vinrent arrêter Jésus n'étaient pas des soldats romains, mais les gardes du Temple, et l'arrestation eut lieu en présence de représentants du mouvement pharisien (v. 3).
Jésus, qui attendait son arrestation, sortit lui-même à la rencontre des représentants des autorités venus le chercher (v. 4-5). L'influence de la personne du Sauveur sur tous ceux qui se trouvaient près de lui était si grande que ceux qui étaient venus le chercher n'osèrent pas immédiatement faire ce pour quoi ils étaient venus (v. 5-12). Pendant ce temps, Jésus fit tout son possible pour éviter à ses disciples d'être arrêtés (v. 7-9).
Il comprenait manifestement que les apôtres saisissaient difficilement le sens et la portée de ce qui se passait et craignait peut-être qu'ils ne tentent de profiter de l'occasion pour opposer une résistance armée aux représentants des autorités et déclencher ainsi une révolte qui, dans leur projet, devait se transformer en une guerre à grande échelle menée sous des mots d'ordre religieux et messianiques. Ses craintes n'étaient manifestement pas sans fondement: Pierre, le plus résolu des apôtres, tenta effectivement de résister (v. 10), mais Jésus l'arrêta (v. 11).
Une telle réaction de Jésus déconcerta manifestement les apôtres. Ne sachant que faire ensuite, ils se dispersèrent tout simplement, à en juger par le témoignage des autres évangélistes, et ils ne sont de nouveau mentionnés par la suite que dans les récits de la crucifixion du Sauveur. Jean ne parle pas directement de la fuite des apôtres, mais la description des événements suivants montre clairement que seuls deux hommes suivirent Jésus: Pierre et un autre disciple dont l'évangéliste ne donne pas le nom (v. 15-16). Eux aussi, cependant, n'espéraient apparemment plus rien et désiraient seulement voir comment se terminerait le procès de leur Maître.
Quant aux attentes messianiques et aux espoirs d'un triomphe prochain du Royaume, il n'en restait probablement rien: leur Maître venait lui-même de renoncer volontairement à toute résistance! Il ne leur restait désormais qu'à attendre l'issue de la procédure judiciaire. Il restait l'attachement personnel et humain au Maître qui, aux yeux des apôtres, avait perdu, mais dont la personne n'avait manifestement rien perdu de son attrait aux yeux des disciples. Il semblait que les disciples n'avaient plus que le souvenir du Maître. Mais ce souvenir était sacré à leurs yeux.
